"Naxçıvan" Universiteti 1999-cu ildə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyində Dövlət qeydiyyatına alınaraq ali təhsil müəssisəsi kimi fəaliyyətə başlamışdır. Universitet Azərbaycanın paytaxtı Bakı şəhərindən kənarda yerləşən yeganə özəl ali təhsil ocağıdır.
   Universitetdə 96 nəfər mütəxəssis çalışır. Universitetdə elmi-pedaqoji fəa­liy­yətlə məşğul olan müəllimlərdən 4 nə­fə­ri elmlər doktoru-professor,  20 nəfəri fəlsəfə doktorları - dosentlərdir. 

   Universitetdə 4 fakültə, 10 kafedra fəaliyyət göstərir. Hazır­da “Naxçıvan” Universitetində 1469 tələbə təhsil alır. Onlardan 25 ixtisas üzrə 1409 nəfəri bakalavr, 9 ixtisas üzrə 38 nəfəri magistr, 12 ix­ti­sas üzrə 22 nəfəri doktorant və dissertantdır.

    Universitetdə 16 ixtisas üzrə bakalavr, 7 ixtisas üzrə magistr hazırlığı aparılır.

“Naxçıvan” Universiteti 4 hektara yaxın özəlləşdirilmiş sahədə yerləşir. 2000-dən yuxarı tələbənin eyni zamanda tədrislə əhatə oluna biləcəyi universitet şəhərciyinə rektorluq binası, tədris korpusu, xarici dillər korpusu, kitabxana binası, sosial-xidmət mərkəzi, yataqxana binası, idman və mədəniyyət kompleksi daxildir.

Universitetdə tədrisin təşkilində İKT-dən istifadəyə xüsusi fikir ve­ri­lir. Bütün binalarda qabaqcıl dünya universitetlərindən geri qalmayan elektron nəzarət və idarəetmə sistemləri quraşdırılmış, elektron təhsil üçün tam infrastruktur yaradılmışdır. Bütün mühazirə otaqları ən müasir modi­fi­ka­si­ya­lı elektron lövhələrlə təchiz edilmişdir. Hazırda universitetdə istifadə olunan 441 kompüterin hər biri internetə qoşulmuş, onlardan 343 kompüter tələbə­lə­rin ixtiyarına verilmişdir. Bundan başqa mühazirə otaqlarında quraşdırılmış 18 elektron lövhə tədrisin yüksək səviyyədə təşkilinə xidmət edir. 2015-ci il­dən başlayaraq universitetdə 100 meqabit sürətində internetdən istifadə olunur.