Mühasibatlıq şöbəsi universitet yarandığı gündən fəaliyyət göstərir. Mühasibatlıq universitetin inkişaf edərək genişlənməsi nəticəsində mühasibatın bütün sahələrini əhatə etmiş bir maliyyə uçot strukturuna çevrilir. 

Mühasibatlıq 3 işçi heyəti ilə aşağıdakı funksiyaları həyata keçirir.

1. Əmək haqqı bölməsi.
Bu sahədə universitetin professor müəllim heyətinə, inzibati idarəetmə heyətinə əmək haqqının hesablanması və ödənilməsində ən müasir metodları tətbiq edir.

2. Hesabat bölməsi.
Bu bölmədə vaxtlı vaxtında hesabatlar hesablanır, aidiyyatı üzrə təşkilatlara göndərilir.

3. Tələbə bölməsi.
Bu bölmədə tələbələrin təhsil haqlarının vaxtlı vaxtında ödənilməsinə nəzarət edilir. Həmçinin güzəştə düşən tələbələrin güzəştlərinin hesablanması həyata keçirilir.

Bu bölmə krediti olan tələbələrin kreditlərini hesablayır və ödənilməsinə nəzarət edilir.
5. Əsas vəsaitlərin uçotu bölməsi.
Bu bölmə üzrə universitetdə uçotdan duran əsas vəsaitlərin, kitabxana fondunun, azqiymətli və tezköhnələn avadanlıqların uçotu aparılır. 
Ölkədə təhsilin inkişafı ilə bağlı olan iqtisadi mexanizmlərin, o cümlədən Azərbaycan Respublikasının Prezidentinin 2010-cu il 10 fevral tarixli 220 saylı fərmanına və Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabineti 2010-cu il 25 iyun tarixli 120 saylı qərarına əsasən Azərbaycan respublikasında Ali təhsil müəssisələrində yeni maliyyələşmə mexanizminin universitetdə səmərəli tətbiqinə digər qurumlarla yanaşı mühasibatlıqda maliyyə uçotu bölməsi kimi öz töhfələrini verməkdədir.