“Naxçıvan” Universitetində ali təhsilin magistratura və doktorantura pilləsində kadrların hazırlanmasının idarə edilməsi və nəzarəti Magistratura bölməsi tərəfindən həyata keçirilir. Hazırda “Naxçıvan” Universitetində magistratura səviyyəsi üzrə  18 tələbə təhsil alır. Tələbələr sırasında 6 nəfər əcnəbi tələbə vardır.

“Naxçıvan”  Universitetində magistratura səviyyəsində aşağıdakı ixtisaslar üzrə kadr hazırlığı aparılır:

• 060101 -  Azərbaycan dili və ədəbiyyat müəllimliyi

Azərbaycan dili və ədəbiyyatının tədrisi metodikası və metodologiyası.

• 060111 - Tarix müəllimliyi

Tarix fənninin tədrisi metodikası və metodologiyası.

• 060119 - Pedaqogika

Pedaqogika nəzəriyyəsi və tarixi.

• 060404 - İqtisadiyyat

Makroiqtisadi siyasət

• 060105 - Riyaziyyat müəllimliyi

Riyaziyyatın tədrisi metodikası və metodologiyası 

• 060112 - Cografiya müəllimliyi

Coğrafiya fənninin tədrisi metodikası və metodologiyası

• 060103 - Xarici dil müəllimliyi (ingilis dili)

Xarici dilin tədrisi metodikası və metodologiyası

• 060201 - Filologiya

Dilşünaslıq üzrə (dillər üzrə)

• 060403 - Maliyyə

Maliyyə nəzarəti və audit

Azərbaycan Respublikası Nazirlər kabinetinin 2016-cı il 21 iyun 232 nömrəli qərarı ilə “Naxçıvan” Universitetində doktorantura yaradılmışdır. “Naxçıvan” Universitetində doktoranturaya və dissertanturaya qəbul 2017-ci ildən aparılır .

“Naxçıvan”  Universitetində doktorantura  səviyyəsi üzrə ixtisasların təsnifatı aşağıdakılardır:

• Riyaziyyat

1204.01 Həndəsə

• İqtisad elmləri

5308.01 Ümumi iqtisadiyyat

5311.01 Müəssisələrin təşkili və idarə olunması

• Coğrafiya

5401.01 İqtisadi coğrafiya

• Texnika elmləri

3338.01 Sistemli analiz, idarəetmə və informasiyanın işlənməsi (sahələr üzrə)

• Filologiya elmləri

5706.01 Azərbaycan dili

5718.01 Dünya ədəbiyyatı (konkret ədəbiyyat göstərilməklə)

• Pedaqogika

5801.01 Təlim və tərbiyənin nəzəriyyəsi və metodikası (təhsilin sahələri və səviyyələri üzrə)

5804.01 Ümumi pedaqogika, pedaqogikanın və təhsilin tarixi

5807.01 Etnopedaqogika

Hal-hazırda “Naxçıvan” Universitetində 10 ixtisas üzrə 6 doktorant, 17 dissertant fəlsəfə doktoru adı almaq üçün müvəffəqiyyətlə elmi-tədqiqat işləri aparırlar.  

Magistratura bölməsinin tərkibi:

1. Əliyeva Nuranə Hüseyn qızı - İnspektor